Index Symbols | A | C | D | E | F | G | H | I | L | M | N | P | Q | S | T | U | V | X Symbols @TubULAR (module) A a_fixed (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) adjustIV() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) alignMeshesAPDV() (in module @TubULAR) APDV (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) APDV2dxyz() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) APDV2xyz() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) apdvOptions (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) C cleanCntrlines (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) cleanCylMeshes() (in module @TubULAR) cleanFastMarchingCenterlines() (in module @TubULAR) cleanFMCenterlines (@TubULAR.TubULAR attribute) clearTime() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) clipXY() (@TubULAR.TubULAR static method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 static method) computeAPDpoints() (in module @TubULAR) computeAPDVCoords() (in module @TubULAR) computeLBSoverTime() (in module @TubULAR) computeLocalSurfacePatch() (in module @TubULAR) computePCAoverTime() (in module @TubULAR) computeRicciMeshes() (in module @TubULAR) computeStartEndCOMs() (in module @TubULAR) coordinateSystemDemo() (in module @TubULAR) coordSystemDemo() (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) currentData (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) currentMesh (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) currentSegmentation (@TubULAR.TubULAR attribute) currentStrain (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) currentTime (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) D data (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) dir (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) doubleCoverPullbackImages() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) doubleToSingleCover() (@TubULAR.TubULAR static method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 static method) dvAverageNematic() (@TubULAR.TubULAR static method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 static method) dx2APDV() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) dXY2duv() (@TubULAR.TubULAR static method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 static method) dynamic (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) E endcapOptions (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) F features (@TubULAR.TubULAR attribute) fileBase (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) fileName (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) fitPhiOffsetsViaTexture() (in module @TubULAR) flipy (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) fullFileBase (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) G generateCellSegmentation2D() (in module @TubULAR) generateCellSegmentation3D() (in module @TubULAR) generateCellSegmentationPathlines3D() (in module @TubULAR) generateCurrentCutMesh() (in module @TubULAR) generateCurrentPullbacks() (in module @TubULAR) generateCurrentSPCutMesh() (in module @TubULAR) generateCurrentUVCutMesh() (in module @TubULAR) generateFastMarchingCenterlines() (in module @TubULAR) generatePathlineRicciMeshTimePoint() (in module @TubULAR) generateRawRicciMeshTimePoint() (in module @TubULAR) generateRicciMeshTimePoint() (in module @TubULAR) generateSPCutMeshSmStack() (in module @TubULAR) generateSPCutMeshStack() (in module @TubULAR) generateUVPrimeCutMeshes() (in module @TubULAR) getAPpointsSm() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) getCurrentClineDVhoop() (@TubULAR.TubULAR method) getCurrentCutMesh() (@TubULAR.TubULAR method) getCurrentData() (in module @TubULAR) getCurrentPathlineStrain() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) getCurrentSegmentation2D() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) getCurrentSegmentation2DCorrected() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) getCurrentSegmentation3D() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) getCurrentSegmentation3DCorrected() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) getCurrentVelocity() (@TubULAR.TubULAR method) getFeatures() (@TubULAR.TubULAR method) getMeshes() (in module @TubULAR) getPathlineStrain() (@TubULAR.TubULAR method) getPIV() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) getPullbackPathlines() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) getRadii() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) getRotTrans() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) getVelocityAverage() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) getVelocityRaw() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) getVelocitySimpleAverage() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) getXYZLims() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) H helmholtzHodge() (in module @TubULAR) I imSize (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) initializeTubULAR() (in module @TubULAR) interpolateOntoPullbackXY() (in module @TubULAR) invertRotation() (@TubULAR.TubULAR static method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 static method) L loadCurrentCutMesh() (@TubULAR.TubULAR method) loadFeatures() (@TubULAR.TubULAR method) loadPIV() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) loadPullbackPathlines() (@TubULAR.TubULAR method) loadVelocityAverage() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) loadVelocityRaw() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) loadVelocitySimpleAverage() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) M makeMIPs() (@TubULAR.TubULAR method) manualTrackingAdd() (@TubULAR.TubULAR method) measureBeltramiCoefficient() (in module @TubULAR) measureBeltramiCoefficientPullbackToPullback() (in module @TubULAR) measureCurvatures() (in module @TubULAR) measureDxDyStrainFiltered() (in module @TubULAR) measureLength() (@TubULAR.TubULAR method) measureMetricKinematics() (in module @TubULAR) measureMetricStrainRate() (in module @TubULAR) measurePathlineMetric() (in module @TubULAR) measurePathlineMetricKinematics() (in module @TubULAR) measurePathlineStrain() (in module @TubULAR) measurePathlineStrainRate() (in module @TubULAR) measurePathlineVelocities() (in module @TubULAR) measurePIV2d() (in module @TubULAR) measurePIV3d() (in module @TubULAR) measurePIV3dMultiChannel() (in module @TubULAR) measurePullbackPathlines() (in module @TubULAR) measureRMSvelocityOverTime() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) measureStrainRate() (in module @TubULAR) measureSurfaceAreaVolume() (in module @TubULAR) measureTwist() (in module @TubULAR) measureUVPrimePathlineFeatureIDs() (in module @TubULAR) measureUVPrimePathlines() (in module @TubULAR) measureWrithe() (in module @TubULAR) measureXYZLims() (in module @TubULAR) mip() (@TubULAR.TubULAR method) N normalShift (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) nU (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) nV (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) P phiMethod (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) piv (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) plotAlignedMeshesPretty() (in module @TubULAR) plotAverageVelocitiesTimePoint() (in module @TubULAR) plotClineXSections() (in module @TubULAR) plotCutPath() (in module @TubULAR) plotMetric() (in module @TubULAR) plotMetricKinematics() (in module @TubULAR) plotMetricKinematicsTimePoint() (in module @TubULAR) plotPathlineBeltramiKymograph() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) plotPathlineMetricKinematics() (in module @TubULAR) plotPathlineStrain() (in module @TubULAR) plotPathlineStrainRate() (in module @TubULAR) plotPathlineStrainRateTimePoint() (in module @TubULAR) plotPathlineStrainTimePoint() (in module @TubULAR) plotPathlineVelocities() (in module @TubULAR) plotPathlineVelocitiesTimePoint() (in module @TubULAR) plotSeriesOnSurfaceTexturePatch() (in module @TubULAR) plotSPCutMeshSmSeriesUtility() (in module @TubULAR) plotStrainRate() (in module @TubULAR) plotStrainRate3DFiltered() (in module @TubULAR) plotStrainRateTimePoint() (in module @TubULAR) plotTimeAvgVelocities() (in module @TubULAR) plotting (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) prepareIlastik() (in module @TubULAR) processCorrectedCellSegmentation2D() (in module @TubULAR) pullbackPathlines() (in module @TubULAR) Q quarterIndicesDV() (@TubULAR.TubULAR static method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 static method) S samplePullbackPathlines() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) setDataLimits() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) setTime() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) sliceMeshEndcaps() (in module @TubULAR) smoothDynamicSPhiMeshes() (in module @TubULAR) smoothing (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) spaceUnits (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) ssfactor (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) T t0 (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) t0set() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) timeAverageVelocities() (in module @TubULAR) timeInterval (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) timeStampStringSpec (@TubULAR.TubULAR attribute) timeUnits (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) trueTime() (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) TubULAR (class in @TubULAR) Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 (class in @TubULAR) U uv2APDV() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method) uv2XY() (@TubULAR.TubULAR static method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 static method) uvexten (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) V velocityAverage (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) velocityRaw (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) visualizeDemoTracks() (in module @TubULAR) visualizeSegmentationPatch() (in module @TubULAR) visualizeTracking3D() (in module @TubULAR) X xp (@TubULAR.TubULAR attribute) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 attribute) XY2uv() (@TubULAR.TubULAR static method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 static method) xyz2APDV() (@TubULAR.TubULAR method) (@TubULAR.Tubular_local_keep_these_changes_incorporate_202207 method)